吸入空气中的灰尘被阻隔在滤清器中，以避免压缩机被过早的磨损和油分离器被阻塞，通常在运转1000个小时或一年后，要更换滤芯，在多灰尘地区，则更换时间间隔要缩短。滤清器维修时必须停机，为了减少停车时间，建议换上一个新的或已清洁过的备用滤芯。
空压机滤芯清洁步骤如下
a. 对着一个平的面轮流轻敲滤芯的两端面，以除去绝大部分重而干的灰沙。
b. 用小于0.28MPa的干燥空气沿与吸入空气相反的方向吹，喷嘴与折叠纸少相距25毫米，并沿其长度方向上、下吹。
c. 如果滤芯上有油脂，则应在溶有无泡沫洗涤剂的温水中洗，在此温水中至少将滤芯浸渍15分钟，并用软管中的干净水拎洗，不要用加热方法使其加速干燥，一只滤芯可洗5次，然后丢弃不可再用。
d. 滤芯内放一灯进行检查，如发现变薄，针孔或破损之处应废弃不用。
